داستان خضر در آیات ۶۵ تا ۸۲ سورهٔ کهف در قرآن چنین آمدهاست:
[در آن جا] بندهای از بندگان ما را یافتند که رحمت [و موهبت عظیمی] از سوی خود به او داده، و علم فراوانی از نزد خود به او آموخته بودیم. «۶۵» موسی به او گفت: (آیا از تو پیروی کنم تا از آنچه به تو تعلیم داده شده و مایه رشد و صلاح است، به من بیاموزی؟) «۶۶» گفت: (تو هرگز نمیتوانی با من شکیبایی کنی! «۶۷» و چگونه میتوانی در برابر چیزی که از رموزش آگاه نیستی شکیبا باشی؟! «۶۸» [موسی] گفت: (به خواست خدا مرا شکیبا خواهی یافت؛ و در هیچ کاری مخالفت فرمان تو نخواهم کرد!) «۶۹» [خضر] گفت: (پس اگر میخواهی بهدنبال من بیایی، از هیچ چیز مپرس تا خودم [به موقع] آن را برای تو بازگو کنم.) «۷۰» آن دو به راه افتادند؛ تا آن که سوار کشتی شدند، [خضر] کشتی را سوراخ کرد. [موسی] گفت: (آیا آن را سوراخ کردی که اهلش را غرق کنی؟! راستی که چه کار بدی انجام دادی!) «۷۱» گفت: (آیا نگفتم تو هرگز نمیتوانی با من شکیبایی کنی؟!) «۷۲» [موسی] گفت: (مرا بخاطر این فراموشکاریم مؤاخذه مکن و از این کارم بر من سخت مگیر!) «۷۳» باز به راه خود ادامه دادند، تا اینکه نوجوانی را دیدند؛ و او آن نوجوان را کشت. [موسی] گفت: (آیا انسان پاکی را، بی آنکه قتلی کرده باشد، کشتی؟! براستی کار زشتی انجام دادی!) «۷۴» [باز آن مرد عالم] گفت: (آیا به تو نگفتم که تو هرگز نمیتوانی با من صبر کنی؟!) «۷۵» [موسی] گفت: (بعد از این اگر درباره چیزی از تو سؤال کردم، دیگر با من همراهی نکن؛ [زیرا] از سوی من معذور خواهی بود!) «۷۶» باز به راه خود ادامه دادند تا به مردم قریهای رسیدند؛ از آنان خواستند که به ایشان غذا دهند؛ ولی آنان از مهمان کردنشان خودداری نمودند؛ [با این حال] در آن جا دیواری یافتند که میخواست فروریزد؛ و [آن مرد عالم] آن را برپا داشت. [موسی] گفت: ([لااقل] میخواستی در مقابل این کار مزدی بگیری!) «۷۷» او گفت: (اینک زمان جدایی من و تو فرا رسیده؛ اما بزودی راز آنچه را که نتوانستی در برابر آن صبر کنی، به تو خبر میدهم. «۷۸» اما آن کشتی مال گروهی از مستمندان بود که با آن در دریا کار میکردند؛ و من خواستم آن را معیوب کنم؛ [چرا که] پشت سرشان پادشاهی [ستمگر] بود که هر کشتی [سالمی] را بزور میگرفت! «۷۹» و اما آن نوجوان، پدر و مادرش با ایمان بودند؛ و بیم داشتیم که آنان را به طغیان و کفر وادارد! «۸۰» از این رو، خواستیم که پروردگارشان به جای او، فرزندی پاکتر و با محبتتر به آن دو بدهد! «۸۱» و اما آن دیوار، از آن دو نوجوان یتیم در آن شهر بود؛ و زیر آن، گنجی متعلق به آن دو وجود داشت؛ و پدرشان مرد صالحی بود؛ و پروردگار تو میخواست آنها به حد بلوغ برسند و گنجشان را استخراج کنند؛ این رحمتی از پروردگارت بود؛ و من آن [کارها] را خودسرانه انجام ندادم؛ این بود راز کارهایی که نتوانستی در برابر آنها شکیبایی به خرج دهی!) «۸۲» و از تو درباره (ذو القرنین) میپرسند؛ بگو: (بزودی بخشی از سرگذشت او را برای شما بازگو خواهم کرد.) «۸۳»